a spôsoby, ktorými sa infekcia šíri, môžu byť odlišné. Kolonizácia sprostredkovaná patogénmi môže v skutočnosti prebiehať prostredníctvom:
- Vzostupná cesta z močového mechúra (najčastejšia): z perinea (alebo z vaginálneho vestibulu, v prípade pacientok), mikroorganizmy stúpajú do močovej trubice, potom do močového mechúra až k obličkám; hlavné príčiny infekcia u žien spočíva v deformácii močovej trubice počas pohlavného styku, zatiaľ čo u mužov je často sekundárna pri prostatitíde. U katetrizovaných pacientov môže ku kontaminácii dôjsť po umiestnení alebo manipulácii s katétrom, s následným možným vzostupom patogénov do močového mechúra .
- Krv zostupná: krvným obehom v priebehu septikémie sa patogény dostanú do obličiek, čo spôsobuje zápal obličiek a obličkové abscesy.
- Klesajúca lymfatická dráha: sieť lymfatických ciev spája vzostupné hrubé črevo s pravou obličkou a zostupné hrubé črevo s ľavou obličkou.
Mikroorganizmy zahrnuté v pyelonefritíde sú zvyčajne tie isté zodpovedné za infekcie močových ciest, genitálneho a gastrointestinálneho traktu, a preto v močovom mechúre, prostate, krčku maternice, vagíne, močovej trubici alebo konečníku: Escherichia coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Enterococcus spp. atď.
Vo väčšine prípadov tieto patogény predstavujú baktérie fekálnej flóry, ktoré prechádzajú vzostupnou cestou, aj keď vo všeobecnosti peristaltika (pohyby kontrakcií a roztiahnutie stien močových ciest) vykonáva „účinný ochranný účinok proti infekciám“.
Príležitostne sú hlásené aj ďalšie neobvyklé mikroorganizmy: mykobaktérie, kvasinky a huby, ako aj oportúnne patogény, ako napr. Corynebacterium urealyticum.
