Patogenéza skúma vývoj ochorenia a reťazec udalostí s ním spojených, ktoré krok za krokom určujú morfofunkčné zmeny buniek a tkanív patriacich k postihnutým orgánom. Tieto zmeny môžu byť spôsobené chemickými, fyzikálnymi alebo biologickými faktormi (vírusy, baktérie atď.).
Patogenézu by sme preto mohli definovať ako mechanizmus, pomocou ktorého etiologický agens (kauzálny agens, napríklad baktéria alebo žiarenie) určuje ochorenie. Nie je náhoda, že termín patogenéza pochádza zo spojenia gréckych slov pátosu"choroba", napr genéza, „stvorenie“.
Etiológia definuje príčiny, patogenéza študuje dôsledky.
Pri čítaní lekárskych textov sa preto môžeme stretnúť s pojmami ako: mikrobiálna patogenéza, zápalová patogenéza, vírusová patogenéza, malígna patogenéza (tendencia ochorenia, spravidla nádoru, sa progresívne zhoršuje, až sa stáva potenciálne smrteľným). Mnoho chorôb rozpoznáva rôzne príčinné faktory (multifaktoriálna etiológia) a ešte početnejšie sú choroby charakterizované rôznymi evolučnými mechanizmami (viacnásobná patogenéza).