PH stolice je normálne neutrálne alebo mierne zásadité (6,8 - 7,5). Kyslejšia stolica, fyziologická iba u novorodencov, môže naznačovať črevné infekcie (Escherichia coli, Rotavirus) alebo poruchy trávenia, ako je intolerancia laktózy alebo tuku (steatorea v dôsledku nedostatočnosti pankreasu alebo stagnácia žlčových ciest).
PH stolice je ovplyvnené stravovacími návykmi subjektu; napríklad diéty nadmerne bohaté na mäso a mliečne výrobky spôsobujú, že stolica je zásaditejšia. Hnilobná črevná bakteriálna flóra v skutočnosti ničí aminokyseliny, ktoré unikli absorpcii, a vytvára toxické a zapáchajúce amíny; v dôsledku toho sa pH výkalov v dôsledku zvýšenej produkcie amoniaku zvyšuje. Nie je preto náhoda, že príliš zásadité fekálne pH sprevádzané znížením mastných kyselín s krátkym reťazcom (pozri butyrát) je spojené so zvýšeným rizikom rakoviny hrubého čreva a konečníka.
Ak má pH výkalov tendenciu sa zvyšovať v prítomnosti hnilobnej dysbiózy, má tendenciu klesať v prítomnosti fermentačnej dysbiózy, ktorej príčiny je treba hľadať v nadmernom požití sacharidov alebo v ich zlej absorpcii ( celiakia). Aj za prítomnosti „bohatého príjmu lipidov, pri vegetariánskej diéte a pri dlhodobom hladovaní sa pH stolice stáva kyslým.
Aby sa zabránilo skresleniu výsledkov testov, stolica nesmie byť kontaminovaná močom a musí byť rýchlo schladená, aby sa zabránilo alkalickému pH moču a hnilobných baktérií.